巧克力囊肿是会影响性生活的。由于巧克力囊肿很有可能会使得阴道穹窿部异位、子宫内膜结节、直肠凹陷结节或粘连，或卵巢粘连在盆底。此时进行性生活，当阴茎进入阴道深处时可引起剧烈疼痛，以致不敢性交，严重影响性生活的质量。此外，如果在性生活过程中力气太大还有可能引发许多并发症，比如卵巢囊肿破裂，阴道出血，月经不停，腹痛加重等。特别是一旦出现囊肿破裂，将出现剧烈的刀割样下腹痛，呈急腹症症状。疼痛常从一侧开始，以后扩散至全下腹，其剧裂程度常常超过其他原因引起的妇科急腹症，并往往伴有肌紧张、反跳痛等腹膜刺激症。不止如此，当情况严重时，还将危及患者生命。因此患有巧克力囊肿的女性朋友应首先积极前往正规的妇科医院接受治疗，在痊愈后方才可以开始性生活。