1  对非淋菌性尿道炎的病因认识上存在着分歧，大部分医生只知道衣、支原体是引起非淋菌性尿道的病因，而对因单纯疱疹病毒、念珠菌、阴道毛滴虫及一些杂菌所导致的非淋菌性尿道炎缺乏足够的认识，造成治疗上的混乱，用药不准确、不对症。

2  治疗方法单一，注重抗生素的治疗，忽视了对人体本身免疫功能的改善，以及尿道粘膜、阴道粘膜损伤的修复及局部环境的改善，加之大剂量的使用抗生素类药物，致使耐药菌株产生，影响疗效，严重时导致二重感染，相互交叉感染使病情迁延不愈。

3  泌尿生殖器官属于管腔系统，特殊的官腔构造易使病原体隐蔽、潜藏，给治疗本身带来了难度，加之排尿时尿液的刺激，使受损的尿道粘膜短期内难以修复。

4 治疗方法不当，周期太长，合并症并发出现，没有引起足够的重视，使病原体范围扩大，受累的组织器官增多，也会导致非淋菌性尿道久治不愈。

5  对中医药在治疗非淋菌性尿道炎重视不够，一味地追求西药治疗，造成治疗方案的片面性，达不到治疗目的。

6 检查方法、治愈标准，缺乏系统性、规范性，导致久治不愈，反反复复。